马赛队曾夺得九次法国联赛冠军和十次法国杯冠军，在1993年的欧洲杯决赛中以1比0战胜AC米兰，成为第一支夺得欧洲杯冠军的法国球队。但他们在欧洲杯决赛前夕贿赂瓦朗谢讷的主力球员，确保即使派出替补队员也依然能够获胜马赛足球俱乐部，主力队员可以休息以应对欧洲杯决赛。结果，他们以1比0轻松取胜。然而阴谋败露，马赛队被判剥夺92/93赛季法国足球甲级联赛冠军资格，降入乙级联赛，禁止参加欧洲比赛。主席贝尔纳·塔皮因主谋罪名被判入狱一年。

1996年，在阿迪达斯老板罗伯特·路易-德雷福斯的支持下，马赛重返顶级联赛。1999年，马赛杀入联盟杯决赛，0-3不敌帕尔马。2004年，马赛再次杀入联盟杯决赛，途中先后淘汰利物浦、国米和纽卡斯尔联。主力球员迪迪埃·德罗巴发挥出色，但决赛还是以0-2不敌新科西甲冠军瓦伦西亚，再次无缘冠军。迪迪埃·德罗巴以2450万英镑转会切尔西。

2005年夏天马赛足球俱乐部，马赛队夺得国际托托杯冠军，在决赛中以5比3击败西班牙球队拉科鲁尼亚，获得欧洲联盟杯参赛权。然而，这影响了马赛队在法甲联赛的发挥，实力和成绩落后于里昂、摩纳哥和巴黎圣日耳曼，夺冠希望越来越渺茫。直到随后的一个赛季，马赛队在赛季初表现出色，在积分榜上逼近里昂，并最终夺得联赛亚军，成功重返2007/08赛季欧洲冠军联赛。

2006年1月20日，前马赛队球员让-埃德尔透露马赛足球俱乐部，慕尼黑欧洲杯决赛前，马赛队球员曾集体注射不明药物，只有德国前锋鲁迪·沃勒尔拒绝注射。

马赛队在2009-10赛季夺得法国联赛杯冠军，成为该队17年来首个重大赛事冠军。同赛季，马赛队在第36周的比赛中3比1战胜雷恩队，而排名联赛第二的欧塞尔队则不敌里昂队。在还剩1场比赛的情况下，马赛队以5分优势领先欧塞尔队，时隔18年再次夺得法甲联赛冠军。